Va ser construïda en la segona meitat del segle XVIII com auxiliar de l’església parroquial de Polop, fins que va aconseguir la independència eclesiàstica a la fi de segle. Després de la independència en 1836 es van començar a referir a aquesta església en les partides baptismals com a “església de Alfaz” i “església de Alfaz del Pi”, fins que en 1892 es va registrar un baptisme a la “Església Parroquial de San José”. De moment es desconeix l’autoria i datació exacta de les imatges i de l’altar major. En canvi, sobre la talla més significativa que alberga el temple, el Santíssim Crist del Bon Encert, sí que es compta amb informació històrica, ja que aquest Crist va ser objecte d’un estudi publicat en 2007 on s’analitza el seu origen. Una vegada que la sagrada imatge del Crist del Bon Encert va estar ja al poble de l’Alfàs del Pi, el 26 de març de 1857 es van iniciar les reformes en la capella de la Comunió per a donar cabuda a un crucifix d’alçada més que natural, es va fer la fornícula nova i es va decorar l’altar que fins al moment acollia el Sagrari. Al mateix temps Pascual Baldó Orozco, un frare carmelita nascut a l’Alfàs del Pi en 1807 que va desenvolupar una important carrera eclesiàstica a València, va iniciar els tràmits per a obtindre d’una gràcia per la qual es donara major realç a la imatge i fomentarà la religiositat popular. En concedir Pius IX la celebració de les quaranta hores i les indulgències plenàries inherents a ella, es va marcar una fita en l’esdevenir històric d’un poble que fins a pocs anys abans havia sigut un modest Caseriu i se li va proporcionar una data, perquè poguera festejar anualment el pas de la vida dels seus habitants i així el dia 10 de novembre es va convertir al llarg dels anys en una data molt especial i entranyable per a tot el poble que es reuneix al costat de la Plaça Major per a acompanyar a la imatge que va arribar per la mar des de València un dijous 26 de març de 1857. En 1870 amb els 6000 rals de billó del llegat de Pascual Baldó el Sr. L’Alcalde va encarregar a l’arquitecte Sr. Francisco Morell i Gómez un projecte de reforma de la torre per a la instal·lació de la col·locació del rellotge que com a fill del poble havia donat. L’última reforma de la capella es va inaugurar el 10 de novembre de 1999 recuperant l’estètica que tenia en 1936.
